Nachdem Aramaki Kusanagi und ihr Team rekrutiert hat, nehmen sie ihre Arbeit als Shell-Einheit auf. Das Cyberbrain der Übersetzerin des Außenministers wurde mit einem Virus infiziert. Aramaki ahnt, dass Colonel Malles, der im Exil im Land lebt, ein geheimes Treffen sabotieren will. Er befiehlt Kusanagi, den Hackerangriff zurückzuverfolgen und den Täter zu finden.

Kusanagi und Togusa nehmen ihren Verdächtigen nach einer rasanten Verfolgungsjagd in ihren Fuchikomas fest. Währenddessen observieren Aramaki und Batou Colonel Malles, als dieser Besuch von jemandem erhält, den sie für den Puppenspieler halten, den Hacker, der auf seinen Befehl hin den Virus freigesetzt hat.

Nachdem Roboter-Prototypen Menschen angreifen, spürt Kusanagis Team Roboter derselben Modellreihe auf und stellt fest, dass sie alle ein gemeinsames Merkmal aufweisen. Batou und Togusa machen sich auf zu Hanka Precision Instruments, dem Hersteller der Roboter, um herauszufinden, was hinter den Angriffen steckt.

Kusanagi und das Team reisen in den Hohen Norden, um einen Kampfcyborg namens Koil Krasnov zu überwachen. Um herauszufinden, was Koil im Schilde führt, und die Korruption hinter dem Ausbau der unterirdischen Fabrik von Sagawa Electronics aufzudecken, infiltriert Kusanagi die Büros von Sagawa, während Batou und die anderen sich auf den Weg zur unterirdischen Fabrik machen.