In Paris wird ein US-amerikanischer Polizist getötet. Das Fly Team um Forrester fliegt hin, um zu ermitteln – in Begleitung der neuen Europol-Agentin Megan „Smitty“ Garretson. Wie sich herausstellt, ist der Polizist vor Ort einer Firma nachgegangen, die möglicherweise Waffenhandel betreibt. Als die Verdächtigen radioaktives Material für eine Bombe stehlen, gibt das Team alles, um sie aufzuhalten.

Forresters Team wird beauftragt, in Budapest einen Online-Pädophilen zu ermitteln. Er soll junge Mädchen aus den USA im Netz belästigen und erpressen. Eins seiner Opfer ist die 17-jährige Charlotte, die auf eigene Faust nach Ungarn reist, um dem Team zu helfen. Zusammen gelingt es ihnen, den Täter zu fassen.

Als Demonstranten eine Villa in Mallorca stürmen, finden sie dort eine Tote. Es handelt sich um die Schwiegertochter des mächtigen Unternehmers Ronen Sofer, der den Behörden bereits bekannt ist. Da sie vorhatte, das millionenschwere Haus zu verkaufen und der Familie zu entkommen, vermutet Forresters Team, dass ihr Ehemann der Täter ist. Doch wie sich herausstellt, wurde sie von dem befreundeten Buchhalter getötet, nachdem sie herausfand, dass er sie um ihren Besitz betrügen wollte.

Das Team um Forrester reist in die Türkei, um der Ex-Marine-Soldatin Emily Reid zu helfen. Sie wird dort unter dem Vorwand festgehalten, Antiquitäten zu schmuggeln. Doch als sich herausstellt, dass sie für die CIA arbeitet, muss das Team sie befreien, bevor die Situation eskaliert. Also planen Forrester und Co. einen Gefängnisausbruch. Schließlich können die Agenten sie aus dem Land schleusen und sie mit ihrer Familie vereinen.

In Bukarest wird die schwangere Cosmina vermisst – sie steht kurz vor der Entbindung. Das Fly Team ist im Einsatz, da sie die Leihmutter eines US-amerikanischen Paars ist. Doch als Forrester und Co. Cosmina aufspüren, ist sie nicht länger schwanger. Wo ist das Baby? Wie sich herausstellt, wollte die verantwortliche Klinik das Kind an ein anderes Paar verkaufen. Zusammen mit den lokalen Behörden kann das Team das flüchtige Paar aufhalten und das Kind an seine biologischen Eltern übergeben. Unterdessen ermittelt Forrester auf eigene Faust, in welchen Schwierigkeiten der Vater des Nachbarsjungen steckt.

Eine US-Soldatin bittet ihre Freundin Special Agent Cameron Vo um Hilfe: Ihr Neffe Kody wird auf Kreta vermisst. Wie sich herausstellt, ist der Teenager Teil einer terroristischen Gruppierung. Vo und seine Tante können ihn zwar aufspüren, doch sie zweifeln daran, dass er freiwillig ausgestiegen ist. Schließlich offenbart er den wahren Plan der Extremisten: Da sie sich gegen das US-Militär auflehnen, sollte er sich auf die Basis seiner Tante einschleusen, um dort einen Angriff zu ermöglichen. Nach einer Schießerei und Explosion gelingt es den Agenten, die Basis zu sichern und die Täter zu stellen. Vo sieht sich gezwungen, Kody auszuliefern, was ihre Freundschaft zu seiner Tante zerstört. Währenddessen kümmert sich Forrester darum, die Familie des Nachbarsjungen aus den Griffen eines Mobs zu befreien.

In Barcelona werden der Bodyguard und die Freundin eines scheinbar wohlhabenden US-Amerikaners entführt. Doch in Wahrheit handelt es sich um einen Schwindler, der schon viele Frauen um ihr Geld betrogen hat. Steckt er hinter der Entführung? Da erhält er eine ungewöhnliche Lösegeldforderung: Die Summe entspricht exakt der, die er einem seiner Opfer gestohlen hat. Diese stellt sich als Tochter eines gefährlichen Mafiosi heraus. Bei der Übergabe können sie ihn jedoch stellen und die Freundin retten. Derweilen kommen sich Raines und die Barbesitzerin Maya näher.

Ein US-amerikanisches Model stürzt in Italien von einem Gebäude – die lokalen Behörden sind überzeugt, dass es Selbstmord war. Doch eine Zeugin hat kurz zuvor das Model mit einem Mann gesehen. Die Spur führt zu Walter Maldini, der Frauen gegenüber bereits gewalttätig war. Special Agent Vo geht undercover, um Maldini zu entlarven. Doch als die Zeugin ihre Aussage ändert, fehlen dem Team die nötigen Beweise. Da gelingt es Smitty, die Nachbarin zu überzeugen, ihre Videoaufnahmen vom Balkon zu teilen: Diese offenbaren, dass Maldini das Model tötete.

Smitty erhält Informationen über einen geplanten Raubüberfall. Dieser soll vom gesuchten Dieb Michael Semien durchgeführt werden. Mit Hilfe ihres Kontaktmanns LaDee schleust sich Special Agent Raines als Fluchtfahrer in Semiens Team ein. Dieser wird jedoch schnell misstrauisch. Schließlich wird beim Überfall LaDee getötet, da Semien von seiner Verbindung zu Europol weiß. Auch Raines ist in Gefahr, doch er kann sich wehren, bis seine Kollegen eintreffen und die Täter verhaften. Außerdem konfrontiert Forrester seinen Vorgesetzten Dandridge, der ihn nach Alabama versetzen will.

Die Spannungen zwischen Forrester und Dandridge bleiben bestehen, als Letzterer eine neue Agentin ins Team holt: Zoey McKenna. Dann bricht das Team zu einem Fall nach Belgrad auf: Dort stirbt ein US-Basketballspieler nach einer Party. Einer seiner Freunde wird verdächtigt, ihn unter Drogen gesetzt zu haben. Zunächst vermutet das Fly Team eine kriminelle Bande dahinter. Schließlich entpuppen sich zwei Mitglieder des Sportteams als die wahren Täter. Forrester beschließt, den Kampf um seinen Job nicht so schnell aufzugeben.

Eine junge Frau fleht in einem Geschäft in Österreich um Hilfe. Es handelt sich um die seit Jahren vermisste US-Amerikanerin Katie Marsh. Das Fly Team verfolgt vor Ort ihre Spur bis zu einem Motel: Dort stoßen sie auf Aufnahmen, die Katie, ihren Entführer und ein weiteres Opfer zeigen. Allerdings bereitet Dandridge dem Team Probleme, indem er den Fall zu früh an die Öffentlichkeit trägt. Forrester fordert die neue Agentin McKenna auf, sich für eine Seite zu entscheiden. Schließlich kann das Team den Täter stellen und die Opfer retten – außerdem spricht sich McKenna gegen Dandridge aus, sodass Forrester wieder das Team anführt.

Europol-Agentin Jaeger bittet Forrester und sein Team um Unterstützung in Berlin. Dort tötet ein US-Amerikaner Mitglieder des ehemaligen Stasi-Programms „Indigo“. Durch eine Aufnahme kann das Team die Stimme des Täters identifizieren: Es handelt sich um Paul Kennard, der ursprünglich aus Ost-Berlin stammt, aber nach dem Tod seiner Eltern von seiner Schwester getrennt in den USA aufgewachsen ist. Er macht das Programm für die Zerstörung seiner Familie verantwortlich. Als Kennard den Leiter des Programms konfrontiert, eskaliert die Situation. Doch schließlich kommt die Wahrheit ans Licht und Kennard gesteht seine Taten.

In Budapest stirbt ein US-amerikanischer Anwalt bei einer Autoexplosion. Er vertritt ein Unternehmen bei einem Rechtsstreit um die Gesundheit seiner Mitarbeiter. Die Ermittlungen des Fly Teams ergeben, dass der Anwalt möglicherweise Seiten gewechselt hat. Außerdem decken Forrester und Co. persönliche Verstrickungen auf. Schließlich entpuppt sich jedoch der Anwalt der Gegenseite als der Täter: Er wollte, dass ein neuer Anwalt hinzugezogen wird und eine schnelle Einigung erzielt. Unterdessen kommen sich Kellett und ein ungarischer Polizist näher.

Als ein Flugzeug in Marokko notlanden muss, verschwindet ein US-amerikanischer Passagier auf dem Weg ins Krankenhaus. Forrester und Co. finden heraus, dass es sich bei dem Entführten um einen Agenten der Drogenvollzugsbehörde handelt. Sie vermuten, dass die marokkanische Mafia dahintersteckt. Nachdem sie die Personen befragen, die den Agenten im Flugzeug betäubten, damit er fälschlicherweise ins Krankenhaus kommt, können sie ihn schließlich aufspüren.

Als ein ungarischer Polizist ein Paar ermordet, unterstützt das Fly Team die lokalen Behörden. Allerdings wird der Fall für Kellett schnell persönlich, denn: Es besteht eine Verbindung zu ihrem Freund, der für die ungarische Polizei tätig ist.

Als ein US-amerikanischer Architekt in Rom entführt wird, ermittelt das Fly-Team. Forrester und Co. erhalten dabei Unterstützung von den FBI-Agenten Valentine und Chase, denn: Die Entführung könnte mit einem geplanten terroristischen Attentat in New York zusammenhängen. Die Spur führt zu General Lenkov, der kürzlich seine Familie bei einem Drohnenangriff verlor und die USA dafür verantwortlich macht. Beim Versuch, den Architekten zu befreien, können die Verdächtigen fliehen. Dabei wird jedoch die schwangere Agentin Chase angeschossen. Das Crossover wird fortgesetzt in FBI S05E17 Unmittelbare Bedrohung (II) und FBI: Most Wanted S04E16 Unmittelbare Bedrohung (III).

Forresters Team fliegt nach Wien, da dort eine US-amerikanische Primaballerina Opfer eines Säureangriffs wurde. Zunächst verdächtigen die Agenten ihre Kollegen sowie ihren Freund. Doch wie sich herausstellt, arbeitet dieser mit der österreichischen Regierung zusammen und hat sich dadurch Feinde gemacht. Einer davon entpuppt sich als der wahre Täter, den das Team schließlich stellen kann.

Forrester erhält von einem Kontakt eine Warnung, dass ein russischer Attentäter hinter ihm her ist: Pavlovic ist aus dem Gefängnis ausgebrochen und will sich für den Tod seines Bruders an Forrester rächen. Das Team beschützt Forrester und macht sich in Budapest auf die Suche nach Pavlovic, der auch von russischen Agenten gesucht wird. Als Raines’ Freundin schließlich als Geisel genommen wird, konfrontiert Forrester seinen Verfolger und schaltet ihn aus.

Nachdem in Stockholm ein US-amerikanischer Tourist getötet wird, fliegt das Fly Team nach Schweden, um zu ermitteln. Sie vermuten, dass es sich bei dem Mord um ein Hassverbrechen einer schwedischen Gruppierung handelt.

Eine vertrauliche Liste wird aus einer schweizerischen Bank gestohlen. Wie sich herausstellt, ist der Cybersicherheitsbeauftragte dafür verantwortlich. Da der Bruder von Europol-Agentin Smitty für die Bank tätig ist, gerät sie schnell in einen Interessenkonflikt. Auch politisch spitzt sich die Lage zwischen der Schweiz und den USA weiter zu. Schließlich muss sich Smitty entscheiden, wem sie vertraut: der eigenen Familie oder dem Fly Team samt Neuzugang Special Agent Damian Powell.

Das Team um Special Agent Forrester reist nach Portugal. Dort ist die Tochter eines US-amerikanischen Hoteliers Hauptverdächtige in einer Mordermittlung. Außerdem sorgt sich Special Agent Raines zunehmend um seine Kollegin Cameron Vo.

Als eine russische neue Nuklearwaffe gestohlen wird, muss das Fly Team den Verkauf aufhalten. Dabei kommt es zu Spannungen zwischen Kellett und Powell. Bei den Ermittlungen stößt das Team auf Olivia Thornton, eine vermeintliche Reise-Bloggerin, die sich als Waffenhändlerin entpuppt. Sie führt sie zum Käufer Yusuf Sydin. Die FBI-Agents können ihn zwar stellen, haben aber nicht genug Beweise gegen ihn in der Hand. Als sie die einzige Zeugin in Sicherheit bringen wollen, kommt es zu einer Explosion.

Das Fly Team arbeitet mit Hilfe seiner neuen Geheimdienstanalystin, Special Agent Amanda Tate, daran, die Spuren zu beseitigen, die nach einer gewaltigen Explosion im Hauptquartier zurückgeblieben sind, während ihr Hauptverdächtiger entkommen ist.

Als ein ehemaliger FBI-Agent plötzlich in einem brutalen Gefängnis in Tripolis auftaucht, riskieren Forrester und Powell alles, um als Gefangene undercover zu gehen und ihn zu befreien; das Fly-Team gewöhnt sich an sein neues und verbessertes Hauptquartier.

Als die rauschende Feier zum 16. Geburtstag einer amerikanischen Familie jäh beendet wird, nachdem die Mutter des Geburtstagskindes in der Nähe ihres Anwesens in Europa tot aufgefunden wird, begibt sich das Fly Team nach Monaco, um den Mörder der Frau zu finden. Vo beginnt, Raines in einem neuen Licht zu sehen.

Das Fly Team begibt sich nach Bulgarien auf der Suche nach einem gesuchten Verbrecher, der minderjährige amerikanische Mädchen ausbeutet. Unterdessen wird Raines neugierig, als Forrester ihn bittet, Powell im Auge zu behalten.

Als ein in Ungnade gefallener ehemaliger US-Kabinettsmitglied in Wien verhaftet wird, wird das Fly Team entsandt, um zu untersuchen, ob er und sein Assistent geheime Regierungsdokumente verkauft haben. Powell hat damit zu kämpfen, dass er gezwungen ist, im Büro zu bleiben.

Das Fly Team wird hinzugezogen, um zu ermitteln, als eine amerikanische Studentin in einem Hostel in Prag festgenommen wird, weil sie sich aggressiv gegenüber lokalen Polizisten verhalten hat, die ihre Vorwürfe wegen sexuellen Missbrauchs abgetan hatten. Außerdem nutzt Vo ihre Erfahrungen als Anwältin für Opfer sexueller Gewalt aus ihrer Zeit bei der Armee, um sicherzustellen, dass das Opfer Gerechtigkeit erfährt.

Das Fly Team begibt sich in die toskanische Landschaft, nachdem der Sohn eines amerikanischen Ehepaares direkt vor ihrem neuen Zuhause entführt wurde. Die Besorgnis wächst, als der Verdacht auf die Mafia fällt.

Der stellvertretende Sonderagent Jubal Valentine begibt sich nach Budapest, um das Fly Team und die CIA persönlich dabei zu unterstützen, das Kartell zu zerschlagen, das seine ehemalige Freundin und Kollegin ermordet hat. Im Rahmen der Mission gibt sich Forrester als verdeckter Waffenexperte aus.

Als ein US-Söldner, der vorgibt, im Ausland gegen Kinderhandel zu kämpfen, an einem abgelegenen rumänischen Grenzposten festgenommen wird, weil das US-Justizministerium seine Crew der Unterschlagung verdächtigt, versuchen Tate und Raines, ihn dazu zu bringen, gegen den Anführer der Gruppe auszusagen. Die Mission nimmt eine Wendung, als der Posten angegriffen wird, während sie daran arbeiten, Beweise zu sichern.

Als eine wilde Nacht in Amsterdam für drei ehemalige Marinesoldaten damit endet, dass einer von ihnen tot in seinem Hotelzimmer aufgefunden wird, muss sich das Fly Team in das Rotlichtviertel begeben, um seinen Mörder zu finden. Unterdessen gerät Tate wegen des Sorgerechts für ihre Tochter in einen Konflikt mit ihrem Ex-Mann.

Als ein ehemaliges Mitglied der Irisch-Republikanischen Armee, das inzwischen US-Staatsbürger geworden ist, in London erschossen wird, während er mit seinem Sohn Jugendfußballakademien besucht, machen sich Smitty und das Fly Team daran, die Verantwortlichen zu finden, da die Gruppe immer gewalttätiger wird. Während ihres Aufenthalts in London besucht Smitty ihre Mutter, von der sie glaubt, dass sie dem Team helfen kann, einen alten Freund der Familie ausfindig zu machen, der möglicherweise etwas mit dem Fall zu tun hat.

Als der Eigentümer eines renommierten Cybersicherheitsunternehmens in Kopenhagen ermordet wird, gelangen riesige Datenmengen an die Öffentlichkeit, woraufhin die NSA das Fly Team um Hilfe bittet, darunter auch den Verbindungsmann des FBI zur NSA.

Das Fly-Team begibt sich nach Oslo, als es einen Hinweis erhält, dass zwei norwegische Gefangene in Russland festgehalten werden.

Das Fly Team trifft auf den Supervisory Special Agent Wesley „Wes“ Mitchell, als sein Partner in L.A. erschossen wird und die Verdächtigen nach Budapest fliehen, was Mitchell nach Übersee führt.

Als ein US-Botschafter zusammen mit 70 Zivilisten in einem Fernsehsender in den Niederlanden als Geisel genommen wird, muss das Fly Team schnell herausfinden, mit wem es zu tun hat. Währenddessen versucht Wes, sich den Respekt seines neuen Teams zu verdienen.

Als ein amerikanischer Teenager während ihrer Abschlussreise nach Portugal von einer Strandparty verschwindet, leitet das Fly Team die Suche, die durch die unterschiedlichen Meinungen der Eltern des vermissten Teenagers zusätzlich erschwert wird.

Der stellvertretende Generalinspektor bittet Tate, die fließend Spanisch spricht, ihren ersten Undercover-Einsatz zu übernehmen und sich Wes und dem Team in Spanien anzuschließen, um gegen einen scheinbar korrupten Spezialagenten der US-Drogenbehörde zu ermitteln, der von Madrid aus arbeitet.

Als ein amerikanischer Mann in Warschau zusammen mit einer ukrainischen Frau entführt wird, die er auf einer Dating-Website kennengelernt hat, macht sich das Fly Team auf den Weg nach Polen, um den Drahtzieher hinter der Website ausfindig zu machen.

Als ein Bus voller amerikanischer Freiwilliger in einem gefährlichen Teil Marokkos entführt wird, macht sich das Fly Team auf die Suche nach den vermissten Helfern und den Entführern.

Wes' ehemaliger Kollege, der US-Agent Tyler Booth, bittet das Fly Team um Hilfe bei der Festnahme eines Amerikaners, der auf der FBI-Liste der Meistgesuchten steht, indem er ihn mit Hilfe der zerstrittenen Ex-Frau des Täters aus Russland herauslockt.

Als der Kronzeuge im Prozess gegen Greg Csonka, der für den Tod von Wes' ehemaligem Partner verantwortlich ist, in einem Budapester Gefängnis zu Tode geprügelt wird, bevor er aussagen kann, versucht das Fly Team, den Fall zu retten, um Csonkas Verurteilung sicherzustellen.

Ein Mitglied des Fly Teams geht verloren, während die Jagd nach Greg Csonka in Paris weitergeht. In der Zwischenzeit hängt das Leben von Vo am seidenen Faden, nachdem er angeschossen wurde.

Als ein russischer Biochemiker ermordet wird, weil er versucht hat, mit seinen hochsensiblen Biotoxin-Forschungsergebnissen überzulaufen, tritt das Fly Team in Aktion, um dessen Tochter zu schützen, deren letzter Wunsch es war, seinee seine Forschungsergebnisse an einen vertrauenswürdigen amerikanischen Mikrobiologen weiterzugeben. Währenddessen bleibt Mitchell zurück, um Vo bei ihrer Genesung zu helfen, und Booth gerät mit Smitty aneinander, als er herausfindet, dass sie seine Beförderung gefährden könnte.

Als ein amerikanischer Student an einer angesehenen britischen Universität tot aufgefunden wird, ermittelt das Fly-Team gegen einen berüchtigten Geheimbund. Smittys persönliche Geschichte mit der Schule spitzt sich zu, als sie mit demselben Elitismus der alten Welt konfrontiert wird.

Das Fly Team leitet eine internationale Fahndung, als eine amerikanische Frau und ihr neuer Ehemann nach einem abscheulichen Mord von Baltimore mit ihrem kleinen Sohn nach Istanbul fliehen. Außerdem schließt sich Vo mit Special Agent Riley Quinn zusammen, die nicht nur nach Budapest geschickt wurde, um ihren ersten großen Fall an der Seite des Fly Teams zu bearbeiten, sondern auch um heimlich gegen ein Mitglied des Teams zu ermitteln.

Als ein amerikanischer Geschäftsmann in Bratislava erschossen wird, muss das Fly-Team mit einem skrupellosen örtlichen Detektiv zusammenarbeiten und gleichzeitig den einzigen Zeugen schützen, einen verängstigten Touristen aus Wisconsin, der von der Polizei festgehalten wird.Währenddessen fühlt sich Quinn von ihrem Bruder unter Druck gesetzt, Informationen über Mitchell zu liefern.

Nachdem eine junge Amerikanerin in Venedig brutal ermordet wurde, stößt das Fly-Team auf Feindseligkeit, als es herausfindet, dass die gesuchte Person Verbindungen zu einer gut vernetzten italienischen Familie hat.Bald wird der Fall noch komplizierter, als der CIA-Stationschef auftaucht und seine eigenen Pläne verfolgt. Unterdessen wächst der Druck auf Quinn, Informationen über Mitchell zu liefern.

Als ein Fernsehprediger, der auf der FBI-Liste der meistgesuchten Personen steht, in Gibraltar auftaucht, um Asyl zu beantragen, stößt das Fly Team bei seinen Versuchen, ihn zur Strecke zu bringen, auf eine Blockade, da sie bei ihrer Ankunft in der Region auf politische Blockaden stoßen. Als der räuberische Prediger die Tochter eines Schülers als nächstes Ziel ins Visier nimmt, muss das Team das Protokoll außer Acht lassen, um einzugreifen.

Nachdem ein amerikanischer CEO, der in Prag lebt, um Millionen in Kryptowährungen erpresst und seine Familie entführt wurde, erhält Mitchell einen überraschenden Besuch von seiner Ex-Freundin, der FBI-Spezialagentin Ella Driscoll, die die Hilfe des Fly Teams in diesem Fall benötigt.

Als ein Psychologe mit Informationen zur nationalen Sicherheit bei einer Wanderung in den Schweizer Alpen verschwindet, arbeitet das Fly Team mit einem Freund, Agent Tyler Booth, zusammen, um ihn zu finden. Unterdessen erhält Mitchell beunruhigende Nachrichten über seinen leiblichen Vater.

Das Fly Team begibt sich nach Georgien, um das Motiv hinter einem Angriff auf zwei amerikanische Soldaten in einem gemeinsamen Ausbildungszentrum der NATO und Georgiens zu ermitteln, bevor es zu einem internationalen Zwischenfall kommt. Unterdessen wird in einer anderen FBI-Abteilung in Europa eine Führungsposition frei, und Mitchell ermutigt sowohl Vo als auch Raines, sich zu bewerben.

Als ein mutmaßlicher amerikanischer Waffenhändler mit langem Vorstrafenregister mit gestohlenen Waffen in Wien auftaucht, schickt das Fly Team Mitchell und Smitty undercover, um zu versuchen, seine Operation zu infiltrieren. Während der Mission gerät Smitty in schwieriges Fahrwasser, als er mit der Frau des Verdächtigen zusammenarbeitet. Unterdessen taucht Mitchells leiblicher Vater nach seiner Entlassung aus dem Gefängnis in Budapest auf, um ihn zu suchen, obwohl Mitchell kein Interesse daran hat.

Als ein amerikanischer Beamter, der für einen hochkarätigen dreiseitigen Gefangenenaustausch in Belgrad verantwortlich ist, in Rumänien festgenommen wird, bittet er das Fly Team, einzuschreiten und den Austausch durchzuführen. Als ihr Konvoi angegriffen wird und einer der Gefangenen flieht, muss das Team alles in seiner Macht Stehende tun, um den vermissten Gefangenen zu finden, bevor die hochsensible Mission gefährdet ist.

Als eine amerikanische Studentin und Sexarbeiterin in Budapest ermordet wird, führen Ähnlichkeiten zu einem aktuellen Fall in Japan dazu, dass das Fly Team mit Detektiven aus Tokio zusammenarbeitet.

Das Fly Team entdeckt, dass es einem Serienmörder auf der Spur ist, und führt die Ermittlungen und Mitchell nach Japan, um der internationalen Mordserie ein Ende zu setzen.